Alguns lactentes não devem receber leite materno ou qualquer tipo de leite em razão de certas doenças metabólicas raras, como a galactosemia, que torna necessária uma alimentação especial sem galactose, ou fenilcetonúria, que permite algum grau de amamentação substituída parcialmente com fórmulas infantis que não contenham fenilalanina.

Neste caso, fórmula láctea infantil apropriada em substituição ao leite materno deverá ser implementada até 6 meses de idade, seguindo protocolo do Ministério da Saúde (Fluxograma de atendimento do recém-nascido filho de mãe soropositiva para o HIV);

Como uso de antineoplásicos e radiofármacos. Acompanhar atualização de informações nos manuais do Ministério da Saúde sobre amamentação e uso de medicamentos e outras substâncias.

Infecção herpética, quando há vesículas na pele da mama; varicela se a mãe apresentar vesículas cinco dias antes do parto ou até dois dias após o parto, recomenda-se o isolamento da mãe até que as vesículas adquiram forma de crosta; doença de Chagas na fase aguda da doença ou quando houver sangramento mamilar; abscesso mamário; consumo de drogas de abuso.