A estratégia inicial do PMAQ é trabalhar um modelo de avaliação de desempenho dos sistemas de saúde, no âmbito municipal, estadual e federal, e dessa forma mensurar os possíveis efeitos de políticas de saúde com vistas a subsidiar a tomada de decisão, garantir a transparência dos processos de gestão do SUS e dar visibilidade aos resultados alcançados, além de fortalecer o controle social e o foco do sistema de saúde nos usuários.